O livro começa com uma reunião entre o Primeiro Ministro inglês e Fudge, onde ele anuncia que um novo Ministro de Mágica foi escolhido e que os acontecimentos estranhos nos jornais britânicos foram causados por mágica (o novo Ministro de Mágica não é um personagem conhecido, ele foi chefe dos Aurors anteriormente, seu nome é Rufus Scrimgeout).
Narcissa (mãe de Malfoy) e sua irmã Bellatrix vão à casa de Snape: Narcissa está desesperada porque Voldermort recrutou Draco para uma missão e ela tem certeza de que seu filho acabará morrendo, ela pede a ajuda de Snape. Bellatrix não confia em Snape e tenta evitar que Narcissa conte qualquer detalhe do plano para Snape (ele provavelmente não sabia qual era a missão, mas fingiu que sabia para que Narcissa e Bellatrix contasem o máximo de detalhes a ele), ela acredita que Snape está ajudando Dumbledore. Tentando provar que ele está do lado de Voldermort, Snape acaba sendo levado a fazer um Unbreakable Vow para proteger Draco, e se ele não conseguir cumprir qualquer que seja esta missão, Snape cumprirá para ele.
O terceiro capítulo começa com Harry em Privet Drive cochilando na janela: Dumbledore enviou uma carta dizendo que iria chegar naquele dia às 11 da noite e levá-lo para a casa dos Weasley, mas Harry não sabia se acreditava que ele viria mesmo ou não. Durante o verão, Harry acompanhou as reportagens do Daily Prophet, que indicavam que ele era “o escolhido” em profecia para acabar com Voldermort – mas logicamente, ninguém tem provas, já que as únicas duas pessoas que sabem da profecia são Dumbledore e Harry. Dumbledore cumpre a promessa e chega, surpreendendo os Dursley (e com uma das mãos machucadas, preta, mas ele não diz o que houve). Ele conversa com os Dursley, novamente explicando que Harry tem que ficar com eles até completar 17 anos no ano seguinte durante o verão, comunica a Harry que ele é o herdeiro da casa da família Black (incluindo o house-elf Kreacher) e que a Ordem não está se reunindo na casa até eles terem certeza que outros membros da família Black não terão acesso à casa e que não existe nenhum encanto prevenindo Harry de herdar o local. Dumbledore faz um teste chamando Kreacher, que se obedecer as ordens de Harry, provará que ele é seu novo mestre – Harry manda Kreacher para Hogwarts, para trabalhar com os outros house-elves do lugar. Harry também herda Buckbeak, o hippogriff que ajudou Sirius a escapar, e pede a Dumbledore que Hagrid passe a tomar conta de Buckbeak – agora renomeado para Witherwings para não atrair suspeitas de que ele foi o hippogriff que fugiu do Ministro de Mágica anteriormente.
Harry e Dumbledore partem para a casa dos Weasley. Harry não tem ainda permissão para Disapparate (Desaparecer) então Dumbledore o leva junto, mas fazem uma parada em outra casa no caminho: Dumbledore precisa de um novo professor, já que novamente o posto de Defense Against the Dark Arts está vago. Ele está tentando recrutar um amigo antigo, professor Slughorn – ele foi Chefe da Slytherin, e estava sempre cercado por seus estudantes “favoritos”: alunos que ele acreditava que seriam alguém importante no futuro. A mãe de Harry foi uma destas estudantes. Depois de uma conversa rápida com Harry, ele decide voltar a ser professor e Harry não tem certeza se gostou dele ou não (ele fez alguns comentários preconceituosos). Dumbledore diz a Harry que vai dar aulas particulares a ele este ano.
Eles chegam finalmente a casa dos Weasleys – Tonks está na cozinha com Mrs. Weasly, e Harry acha que ela parece estar doente. Mr. Weasley foi promovido pelo novo Ministro e agora cuida do departamento que fiscaliza amuletos e encantamentos de defesa (depois que foi anunciada a volta de Voldermort, toda sorte de amuletos, simpatias e outras bobagens estão sendo vendidas – algumas além de funcionarem, são perigosas e precisam ser apreendidas). Harry não é o único hóspede na casa: Hermione e Fleur Delacoeur, participante do Triwizard Tournament no quarto ano, é agora noiva de Bill. Hermione, Ginny e Mrs Weasley não gostam muito de Fleur, acham que ela é chata e superficial. Elas prefeririam que Bill se casasse com Tonks, que eles imaginam, está doente porque se sente culpada pela morte de Sirius. Harry finalmente conta para Ron e Hermione o que a profecia realmente diz. Antes do final do dia, eles recebem suas O.W.L.S.: Harry e Ron tem 7 OWLS cada e Hermione, todas (11). Harry fica um pouco chateado já que ele não conseguiu a nota máxima em Potions, o que significa que ele não poderá continuar seus estudos e portanto, não poderá se tornar um Auror.
O verão vai passando marcado por várias notícias de ataques, desaparecimentos e suspeitas de atividades dos Death Eaters. Eles finalmente recebem suas listas de material escolar para o ano e Harry tem uma agradável surpresa: ele será o capitão do time de Quidditch. Em sua visita anual a Diagon Alley (mais deserta agora que todos estão com medo de ataques), Harry, Hermione e Ron encontram Malfoy por duas vezes, sendo que na segunda ele se desvencilhou de sua mãe e foi sozinho até uma loja de magia negra onde Harry uma vez foi enviado por engano. Eles o seguem usando a capa invisível e escutam a conversa de Malfoy (que exige o conserto de um determinado objeto). Harry desconfia que ele está trabalhando para Voldermort, mas não consegue descobrir do que ele está falando. O ponto alto da visita é a loja de Fred e George, que estão indo muito bem com suas invenções.
Harry continua preocupado com as atitudes de Malfoy e acha que ele é um Death Eater, mas Ron e Hermione acham que ele está exagerando. No trem a caminho da escola, Harry e Neville são convidados para almoçar com o novo professor. Eles rapidamente descobrem que os convidados são todos estudantes que tem famílias famosas ou influentes, menos Ginny – Slughorn viu Ginny fazer um dos encantamentos que Harry ensinou nas aulas de D.A. e ficou impressionado, convidando-a também. No final do almoço, voltando ao seu compartimento com Neville e Ginny, Harry decide seguir um dos Slytherins que também estava voltando para espionar Malfoy. Ele coloca sua capa invisível e o segue, entrando no compartimento onde está Malfoy e seus fiéis comparsas. Harry escuta a conversa e suas suspeitas crescem quando Malfoy diz que acha que não estará em Hogwarts no ano seguinte, porque terá coisas mais importantes para fazer para Voldermort. Os colegas não acreditam muito, dizem que ele só tem dezesseis anos, ao que ele responde que Voldermort não liga para idade e sim pro que ele pode fazer. Chegando a Hogwarts, Malfoy deixa todo mundo sair do compartimento e fecha a porta, lançando um encantamento diretamente em Harry, que é paralisado. Ele chuta Harry no nariz, e vai embora, deixando-o coberto pela capa invisível e paralisado no chão do trem.
Tonks encontra Harry no trem, “conserta” o nariz quebrado e ele chega atrasado a Hogwarts, logo após os novos estudantes terem sido sorteados entre as casas. Uma surpresa é então anunciada: Slughorn, ao contrário do que Harry imaginava, será o novo professor de Potions, enquanto Snape será o novo professor de Defense Against the Dark Arts.
Agora estudantes do sexto ano, eles escolhem as matérias que vão continuar estudando de acordo com os resultados das O.W.L.S. Harry tem uma grata surpresa: agora que Slughorn é o professor de Potions, ele não precisa da nota máxima para continuar a matéria, o que lhe dá a chance de estudar tudo o que ele precisa para se tornar um Auror, assim como Ron. Professora McGonagall conta a Harry que muitos estudantes se inscreveram para o time de Quidditch este ano e ele terá que selecionar os novos jogadores em breve. O romance está no ar: Lavender demonstra interesse em Ron. Na aula de Defense Against the Dark Arts, os alunos começam a aprender encantamentos silenciosos. Dumbledore marca a sua primeira aula particular com Harry. Na aula de Potions, Professor Slughorn empresta os livros para Harry e Ron, já que eles não esperavam estar nessa turma e não compraram o material. O livro de Harry está cheio de anotações sobre as poções, que a princípio o deixam irritado, mas que surpreendentemente fazem a sua primeira poção a melhor da classe, deixando Hermione irritadíssima (já que ela seguiu as instruções do livro e Harry teve as dicas de quem quer que tenha feito as anotações). Como prêmio, Harry ganha uma poção chamada Felix Felicitus, ou como Hermione definiu: sorte líquida. Hermione fica preocupada com as anotações do livro e quem seria o autor, Ginny também fica preocupada (lembrando de quando ela leu o diário de Tom Riddle no seu primeiro ano) e eles verificam se existe algum encantamento no livro, mas não há nada. A assinatura, entretando é misteriosa: “Este livro pertence ao Half-Blood Prince”.
Harry continua seguindo as anotações do livro nas aulas seguintes e todas as suas poções dão certo, para deleite de Slughorn. Em alguns lugares do livro, Harry vê também anotações de encantos que o Half-Blood Prince teria criado. Eles tentam imaginar quem teria sido o dono do livro, mas não tem nenhuma pista. Harry tem a sua primeira “aula” com Dumbledore, que na verdade, é uma incursão aos pensamentos de diferentes pessoas envolvidas no passado de Voldermort, através da Pensieve que Dumbledore tem em seu escritório. Dumbledore autoriza Harry a contar as histórias que ele vê na Pensieve para Ron e Hermione, e pede que somente eles sejam os confidentes de Harry.
Harry escolhe o novo time de Quidditch de Gryffindor, Ginny agora joga como atacante e Ron continua a ser o goleiro – graças à Hermione, que fez um encantamento para que o outro candidato a goleiro não conseguisse defender o último gol, mas Ron não sabe de nada.
Na primeira visita à Hogsmeade do ano, por causa do tempo ruim, Harry, Ron e Hermione decidem voltar para Hogwarts cedo. Na caminhada de volta, Katie Bell, jogadora de Gryffindor, é enfeitiçada por um colar. Katie é levada para a enfermaria e Harry suspeita de Malfoy, pois o colar é o mesmo que eles viram na loja de magia negra em Diagon Alley antes das aulas começarem. Katie tinha sido enfeitiçada com Imperius Curse, que faz com que a pessoa seja controlada por quem quer que a tenha enfeitiçado, enquanto estava no banheiro do bar Three Broomsticks e então teria recebido o colar.
Dumbledore tem outra aula com Harry e eles vêem outra parte do passado de Voldermort: sua mãe morreu logo depois do parto e o deixou apenas seu nome, Tom Marvolo Riddle. Ele viveu em um orfanato até seus onze anos, quando Dumbledore o convidou para estudar em Hogwarts. Desde criança ele já tinha controle de seus poderes e usava mágica para machucar pessoas que o incomodavam, se achava melhor do que os outros, já falava com cobras e não gostava do seu nome, Tom, porque era muito comum. Também não queria a ajuda de ninguém e só fazia tudo sozinho – ele não tinha e nunca teve amigos, tinha comparsas ou serventes. Ele também roubava e colecionava troféus: objetos de suas vítimas.
Harry continua “fugindo” das festinhas que Slughorn promove para seus alunos favoritos – e como Hermione também é uma das convidadas, Ron fica se sentindo de fora. Quando a festa de Natal foi mencionada, Ron, furioso, começou a falar mal do “clube Slughorn” ao que Hermione respondeu que eles podem trazer convidados para essa festa e que ela estava pensando em convidar Ron para ir com ela. Harry fica preocupado se seus amigos vão namorar e se isso vai alterar a amizade deles, principalmente se eles terminarem depois. Mas Harry tem seu próprio ciúme a controlar: depois de entrar na área comum na torre de Gryffindor e ver Ginny e Dean se beijando, ele fica tentando entender o que sente pela irmã de seu melhor amigo. Ron, por sua vez, tem um ataque ao ver Ginny e Dean, o que acaba em uma briga feia com Ginny dizendo que ele devia era arrumar uma namorada e dar uns beijos para resolver o seu problema – acrescentando que Harry já tinha beijado Cho Chang e Hermione tinha beijado Viktor Krum, e só ele ainda não tinha beijado ninguém. Ron fica possesso, mais ainda por ouvir que Hermione beijou Viktor, e sua raiva dura por dias e dias, afetando inclusive a sua performance como goleiro do time de Quidditch.
Mas Harry tem uma idéia para ajudar o amigo a jogar melhor: ele finge colocar a poção da sorte no suco de Ron durante o café da manhã. Hermione vê o que Harry está fazendo e acredita que ele realmente colocou a poção no suco, e tenta advertir Ron, mas Harry diz que não fez nada e eles não ligam. Ron, acreditando que tomou a poção, tem o seu melhor desempenho, Ginny faz muitos gols, Harry pega o Snitch e Gryffindor ganha o jogo contra Slytherin facilmente. Na comemoração, Harry abraça Ginny mas rapidamente fica envergonhado e a deixa ir. Todos vão para a torre de Gryffindor comemorar, mas Hermione antes briga com Harry a respeito da poção, e ele finalmente conta o seu plano para Hermione e Ron, dizendo que fingiu ter colocado a poção para que Ron ficasse mais tranqüilo e jogasse melhor. Ron fica ofendido por Hermione achar que ele só jogou bem por causa da poção e eles brigam. Ela sai chorando, e Harry fica se sentindo mal por seus amigos terem brigado novamente. Harry vai para a festa e tenta encontrar Ron, que está num canto beijando Lavender. Hermione fica triste e se esconde em uma sala deserta. Harry a segue e tenta consolá-la, mas Ron, que o seguiu com Lavender, entra na sala também. Hermione, morta de ciúmes, conjura pássaros que atacam Ron e vai embora.
Ron e Lavender continuam namorando, e infelizmente Harry vê seus melhores amigos novamente sem se falar, já que Hermione, enciumada, não chega nem perto de Ron. Harry tem que escolher seu par para a festa de Natal e várias meninas tentam fazê-lo beber uma poção de amor, mas alertado por Hermione, ele consegue escapar. Ele convida Luna Lovegood – como amigos – já que ele gostaria mesmo era de convidar Ginny, mas ela continua namorando Dean Thomas. Hermione convida Cormac McLaggen para a festa, o goleiro que quase fez parte do time de Quidditch, para enciumar Ron. Durante a festa, Malfoy tenta entrar de penetra e é pego. Snape retira Malfoy da festa, Harry coloca sua capa invisível e os segue. Harry escuta Snape dizendo que quer ajudar Malfoy, já que ele fez um Unbreakable Vow, mas Malfoy não confia em Snape e não quer contar qual é o seu plano.
Ron conta a Harry que um Unbreakable Vow é muito sério e que a punição para quem não cumpre o que prometeu é a morte. Harry aproveita a festa de Natal na casa dos Weasley para contar suas suspeitas a respeito de Snape e Malfoy para os membros da Ordem da Fênix, mas eles dizem que Dumbledore confia em Snape e que como espião, ele precisa fazer Malfoy acreditar nele. Harry fica frustrado mas vê que não tem jeito de convencê-los. No almoço do dia seguinte, Harry recebe a visita do Ministro de Mágica (que para alegria de Mrs. Weasley, usa a companhia de Percy e a desculpa de que Percy estava visitando sua família para vir junto e falar com Harry), que tenta convencê-lo novamente a ajudá-lo, mas Harry mantém sua posição.
Os alunos do sexto ano começam a ter aulas para aprender a Desaparecer, e todos estão animados, mas as aulas são muito difíceis e de pouco progresso.
Dumbledore continua a mostrar memórias de Voldermort para Harry, e uma delas envolve o professor Slughorn e Horcruxes. Mas Dumbledore diz a Harry que esta memória não é totalmente real, pois seu dono (Slughorn) modificou a memória para que ninguém soubesse o que realmente aconteceu. Harry tem então que convencer Slughorn a contar o que aconteceu para que Dumbledore possa decifrar um dos segredos de Voldermort.
No dia de seu aniversário, Ron come chocolates com poção de amor que tinham sido dados a Harry, e para que seu amigo receba um antídoto, Harry o leva até Slughorn. Ao invés de antídoto, Ron acaba tomando um veneno, mas felizmente Harry consegue salvar o amigo dando a ele um antídoto que ele usou durante a aula. Depois do colar que deixou Katie Bell no hospital, agora alguém tinha colocado veneno em uma bebida no escritório de Slughorn (que ele tinha comprado para dar a Dumbledore). Ron fica no hospital e Hermione vai visitá-lo, o que deixa Lavender com ciúmes. McLaggen joga de goleiro já que Ron está no hospital e causa tanta confusão que Gryffindor perde e ele ainda atinge Harry, que vai parar no hospital também.
Depois que Harry sai do hospital e encontra novamente Dumbledore, ele descobre que Voldermort queria o posto de professor de Defense Against the Dark Arts, e que depois que Dumbledore negou o posto a Voldermort, nenhum dos professores jamais passou de um ano no cargo.
Harry descobre que Malfoy tem usado o Room of Requirement, uma sala que Harry usou no ano anterior para dar aulas para sua turma de D.A. e que muda de aparência conforme a necessidade da pessoa que precisa usá-la. Mas ele nunca consegue entrar na sala, então não pode descobrir o que Malfoy anda fazendo.
Hagrid convida Ron, Harry e Hermione para o enterro de Aragog, a aranha gigante que vivia na floresta, mas eles decidem não ir. Harry está desesperado porque não consegue fazer Slughorn confessar o que aconteceu na memória que ele conversa com Voldermort, e decide tomar a poção da sorte e falar com ele novamente. Favorecido pela poção, Harry decide ir até a casa de Hagrid para o enterro, e encontra com Slughorn, que se interessa pela história de Aragog já que as aranhas gigantes tem um poderoso veneno que é vendido por muito dinheiro. Slughorn acompanha Harry, acaba se embebedando com Hagrid após o enterro e dá a ele a memória que Dumbledore precisava.
Nela, Slughorn explica para Voldermort o que são Horcruxes: objetos que guardam pedaços da alma de uma pessoa, o que faz com que se o corpo dessa pessoa morrer, o pedaço da alma guardado garante que essa pessoa não morra de verdade. Dumbledore confirma então sua teoria que foi desta forma que Voldermort conseguiu voltar, após ter teoricamente morrido quando Harry era um bebê. Dumbledore acredita que Voldermort fez 6 horcruxes, dois deles já foram destruídos: o anel de Marvolo (que foi como Dumbledore machucou sua mão) e o diário de Tom Riddle, que foi destruído no segundo livro. Os outros 4, Dumbledore acredita que Voldermort queria os objetos dos fundadores de Hogwarts, mas a espada de Gryffindor está a salvo em seu escritório, portanto 3 podem estar nesses objetos. E o sexto e último, na serpente Nagini, que acompanha Voldermort. Então, para destruir Voldermort completamente, todos os horcruxes precisam ser destruídos.
Dumbledore relembra a Harry que o poder que ele tem e que Voldermort desconhece é a capacidade de amar. Harry pensa que não é um poder muito grande, mas Dumbledore insiste que ele deve sempre lembrar disso. E também que Harry não é dominado pela profecia, e sim por sua escolha. Mesmo que a profecia não dissesse que Harry tem que matar Voldermort, ele ainda assim escolheria fazer isso.
Ron finalmente termina o namoro com Lavender (na verdade, ela terminou com ele por ter ciúmes de Hermione). Hermione conta a Harry que Ginny e Dean também terminaram. Harry então fica em um dilema enorme, já que ele gosta de Ginny mas não quer “trair” seu melhor amigo namorando sua irmã, e fica nervoso porque se ele não falar com Ginny logo, algum outro garoto vai passar a sua frente e chamá-la para um encontro.
Harry descobre Malfoy chorando no banheiro com Moaning Myrtle, contando a ela que se ele não realizar seu plano logo, “ele” o matará. Surpreendido por Harry, eles lutam e Harry usa um feitiço do livro escrito pelo Half-Blood Prince, que para sua surpresa, causa vários cortes sérios a Malfoy. Myrtle sai gritando e Snape entra no banheiro, curando Malfoy. Snape pergunta a Harry qual feitiço ele usou e usa seu poder de leitura da mente para ver o livro que Harry estava usando e pede para que Harry traga o livro para ele, mas Harry consegue esconder o livro antes. Snape, irritado, coloca Harry de castigo até o final do ano, incluindo o dia da final de Quidditch. Arrasado, Harry conta para o time que não poderá jogar e chama Dean Thomas de volta para substituir Ginny como atacante e ela substituirá Harry como Seeker. Hermione fica ainda mais preocupada com o livro e quem era o Half-Blood Prince, mas Harry não dá o braço a torcer.
No dia do jogo, Harry passa horas no escritório de Snape, torturado por não saber o que está acontecendo durante a partida. Quando ele finalmente chega a torre de Gryffindor, todos estão celebrando a vitória, ele abraça Ginny e eles acabam se beijando, na frente de todos. Ron não faz nenhuma objeção e Harry decide tirar Ginny da festa e levá-la para passear nos jardins a sós. Eles começam a namorar.
Hermione continua pesquisando a identidade do Half-Blood Prince, e acha um artigo em um Daily Prophet antigo sobre Eileen Prince, uma estudante de Hogwarts, mas Harry e Ron insistem que o Half-Blood Prince não é uma mulher, pelo jeito que ele escreve.
Harry é chamado urgentemente ao escritório de Dumbledore, e no caminho, encontra Professora Trelawnay gritando no corredor, perto do Room of Requirement. Ela conta que entrou na sala mas que já tinha gente lá dentro, ouviu uma voz celebrando e foi então expulsa. Harry decide que ela tem que contar o que aconteceu para Dumbledore imediatamente. No caminho para o escritório, ela conta a Harry da entrevista quando ela conheceu Dumbledore (que Harry sabe bem, foi quando ela fez a profecia sobre ele e Voldermort) e que eles foram interrompidos por Snape. Harry fica possesso de raiva, já que ele sabia que essa pessoa que tinha ouvido a conversa foi quem contou a Voldermort sobre a profecia, que ocasionou a morte de seus pais.
Dumbledore conta a Harry que ele acredita ter encontrado um Horcrux e como prometido, chama Harry para ir com ele checar se é verdadeiro e destruí-lo. Harry confronta Dumbledore com a história de Snape – para ouvir Dumbledore dizer que naquela época Snape realmente estava trabalhando para Voldermort e que agora ele confia em Snape. Dumbledore então faz Harry prometer que vai cumprir todas as suas ordens na missão de recuperar o Horcrux, e Harry concorda. No caminho para pegar sua capa de invisibilidade, Harry pede a Ron e Hermione que fiquem de olho na escola, por causa do que aconteceu no Room of Requirement, e lhes dá o Marauder Map, onde eles podem ver a localização de todos dentro de Hogwarts, e a poção da sorte, para eles tomarem no caso de alguma coisa acontecer. Ele instrui Ron e Hermione a chamarem os outros membros da D.A. para ajudar, mesmo eles se mostrando incrédulos a respeito das suspeitas de Harry.
Harry e Dumbledore vão então para um local rochoso perto do mar, uma caverna onde Voldermort aterrorizou duas crianças quando ele era pequeno. Eles entram, e atravessam um lago cheio de Inferi (corpos que são magicamente controlados por magia negra) em um pequeno barco, até chegar a uma bacia com uma poção que Dumbledore acredita que ele deve beber para encontrar o Horcrux no fundo. Ele faz Harry prometer que vai fazê-lo beber a poção até o final. Ele começa a beber e vai se sentindo mal, e Harry vai fazendo ele beber tudo. Quando ele termina de beber, desmaia por alguns segundos. Ele acorda e pede água, Harry pega água do lago e começa a ser atacado pelos Inferi. Dumbledore, enfraquecido, conjura fogo e eles escapam. Eles Desaparecem e Aparecem novamente em Hogsmeade. Dumbledore está muito debilitado e precisa de ajuda – ele pede a Harry para chamar Snape. Eles precisam chegar a Hogwarts o quanto antes, Harry diz a Madame Rosmerta, dona do Three Broomsticks, que vai até a escola pedir ajuda, mas ela mostra a marca de Voldermort acima da torre de Astronomia de Hogwarts e diz que ele não pode ir sozinho. Ela empresta duas vassouras voadoras para Harry e Dumbledore e eles vão em direção à escola.
Eles chegam à base da torre, que está deserta, e Dumbledore está se sentindo muito mal. Ele pede a Harry que vá procurar Snape o quanto antes. Logo que Harry começa a correr para procurar Snape, ele ouve um barulho e Dumbledore o adverte para se esconder. Alguém lança um feitiço em Dumbledore, e Harry é paralisado. Harry vê que Dumbledore o paralisou para protegê-lo, mas esses segundos que ele perdeu para fazer isso, custaram sua própria defesa. Malfoy anda até Dumbledore, e diz que outros Death Eaters estão na escola, lutando com alguns dos alunos e os guardas da Ordem da Fênix. Dumbledore desafia Malfoy a matá-lo, mas ele não tem coragem. Eles conversam e Malfoy conta como conseguiu trazer os Death Eaters para Hogwarts: usando um armário no Room of Requirement, que tem um par na loja de magia negra em Diagon Alley, os Death Eaters entram por um armário e saem no outro. Eles conversam até que outros Death Eaters e Fenrir, o líder dos lobisomens, chegam. Eles pressionam Malfoy para matar Dumbledore, já que foram as ordens de Voldermort. Snape chega e mata Dumbledore. Harry, em choque e paralisado, assiste a tudo.
Os Death Eaters começam a fugir, Harry finalmente pode se mexer e petrifica um deles. Os outros chegam, a batalha entre os Death Eaters e os membros da Ordem da Fênix continua, Harry e alguns de seus colegas, incluindo Ginny, perseguem Snape. Hagrid, Snape e os Death Eaters lutam, Harry luta com Snape mas Snape bloqueia os feitiços, ele conta a Harry que ele é o Half-Blood Prince e sabe muito bem todos esses feitiços. Ele finalmente Desaparece com os outros Death Eaters e Malfoy no final dos jardins da escola. Harry ajuda Hagrid e eles voltam para a escola. Harry ainda está em estado de choque. Ele conta a Hagrid que Snape matou Dumbledore mas Hagrid não acredita, até que chegando perto da torre, ele vê os alunos começando a rodear um corpo no chão, e vê que é Dumbledore. Harry vê perto do corpo de Dumbledore o medalhão que eles recuperaram pensando ser o Horcrux, mas ele não se parece com o medalhão de Slytherin que eles pensaram que fosse. Ele lê uma mensagem que estava com o medalhão, que diz: “Ao Dark Lord: Eu sei que eu estarei morto muito antes de você ler isso, mas eu queria que você soubesse que fui eu que descobri o seu segredo. Eu roubei o horcrux de verdade e vou destruí-lo assim que eu puder. Eu encaro a morte na esperança de que quando você encontrar um adversário à altura, você será mortal novamente. R.A.B.”
Ginny leva Harry embora para o hospital, onde Ron, Hermione, Lupin e os outros que participaram da luta estão. Felizmente nenhum deles morreu, apenas alguns foram feridos, e Bill, um dos irmãos mais velhos de Ginny, foi mordido pelo lobisomem, mas como ele não estava transformado (porque não era lua cheia), ele provavelmente não vai se transformar em lobisomem – mas ninguém sabe quais serão os efeitos. Eles contam aos seus amigos que Dumbledore está morto, todos ficam em choque. Harry conta que viu Snape matar Dumbledore, ninguém sabe o que dizer. Fawkes, a fênix de Dumbledore, começa a cantar uma música tristíssima e todos ficam arrasados.
Harry ouve detalhes da batalha e do que aconteceu enquanto ele estava fora com Dumbledore, Mr and Mrs Weasley chegam no hospital junto com Fleur para ver Bill, e todos acham que ela não vai mais querer casar com ele – ela fica furiosa e diz que vai casar com ele sim, que não importa se ele está machucado ou não ou o que vai acontecer. Tonks aproveita a deixa para mostrar a Lupin que mesmo Bill tendo sido mordido por um lobisomem Fleur ainda vai casar com ele, e enfim todos entendem que Tonks esse tempo todo estava apaixonada por Lupin mas ele não acha que um lobisomem pode ter um relacionamento normal.
McGonagall assume como nova Diretora de Hogwarts, o Ministério de Mágica chega a escola e ela e os demais professores decidem que vão tentar manter a escola aberta no ano seguinte; Harry sugere que os estudantes fiquem na escola por mais uns dias para comparecer ao enterro de Dumbledore.
Nos dias seguintes a noite trágica, Harry passou todo o tempo com Ginny, Ron e Hermione. Harry continua pensando nos horcruxes que ele precisa encontrar: o medalhão de Slytherin, a taça de Hufflepuff, a cobra Nagini, alguma relíquia de Gryffindor ou Ravenclaw. Finalmente chega o dia do enterro de Dumbledore. Harry, Ginny, Hermione e Ron estão arrasados, assim como toda a escola. Harry conta a Ginny que ele precisa terminar com ela, porque Voldermort vai tentar usá-la contra ele, como já aconteceu no passado e ela era apenas a irmã do seu melhor amigo. Ela diz que esperava que ele fizesse isso, e que nunca deixou de gostar dele. Harry se afasta antes que ele mude de idéia, e vê Ron e Hermione chorando, juntos, Ron consolando Hermione. Eles conversam, e Harry diz que mesmo que Hogwarts continue funcionando no próximo ano, ele não voltará. Ele precisa continuar a busca pelos Horcruxes e matar Voldermort. Ron e Hermione prometem a Harry que eles estarão com ele.
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